Творческий путь в "большом кинематографе" начался в 1991 году, когда по своему сценарию Алексей Балабанов поставил первый полнометражный фильм "Счастливые дни" (фильм был снят при участии Студии первого и экспериментального фильма Алексея Германа) и выступил соавтором сценария фильма молодого режиссера Надежды Хворовой "Пограничный конфликт". В 1992 году вместе с режиссером и продюсерами Сергеем Сельяновым и Василием Григорьевым Алексей Балабанов выступил в качестве соучредителя Кинокомпании СТВ, при участии которой он и снимал впоследствии почти все свои фильмы.

В 1994 году за картину "Замок", снятую по роману Франца Кафки, режиссер был удостоен премии "Ника". В том же году он дебютировал и в качестве продюсера - фильмом "Исповедь незнакомцу". А в 1995 году в числе других кинематографистов режиссер принял участие в создании киноальманаха "Прибытие поезда", посвященного 100-летию кинематографа, сняв новеллу "Трофимъ", удостоенную нескольких кинематографических наград.

Однако настоящим прорывом в "высшую кинематографическую лигу" стала для Алексея Балабанова снятая в 1997 году криминальная лента "Брат", главную роль в которой сыграл Сергей Бодров, а музыку написал Вячеслав Бутусов, лидер группы "Nautilus Pompilius". Фильм практически моментально стал культовым и одновременно - самым кассовым фильмом года.

После столь ошеломительного успеха у массовой аудитории Алексей Балабанов совершил достаточно неожиданный поворот, сняв арт-хаусную картину "Про уродов и людей" (1998) с Сергеем Маковецким в главной роли - весьма провокационную и необычную: о первых создателях порнографии в дореволюционной России. Очевидно, эта провокационность и способствовала успеху ленты не только в киноманских кругах, но и в прокате на видео и DVD.

Следующей лентой Алексея Балабанова стал "Брат-2" (2000). В отличие от первого "Брата", который можно назвать жесткой социальной драмой, продолжение - это скорее "черная" комедия с почти неправдоподобным криминальным сюжетом - яркий и шумный фильм с великолепной музыкальной дорожкой (для саундтрека были подобраны песни преимущественно малоизвестных на тот момент рок-исполнителей, которые сразу после премьеры фильма тоже стали суперзвездами), нарочито попсовый и откровенно неполиткорректный. Фильм вызвал бурную, на грани скандала, реакцию в прессе. А вот массовая аудитория фильм приняла: "Брат-2" снова стал самым кассовым российским фильмом в кинопрокате и абсолютным чемпионом года по видеопродажам.

В 2000 году Алексей Балабанов опять удивил всех, начав работать над проектом фильма "Река" ("На краю земли") - о жизни в якутской деревне для прокаженных в начале XX века. Однако вскоре после начала съемок произошла трагедия - в результате автомобильной аварии погибла исполнительница главной роли актриса Якутского Национального театра Туйаара Свинобоева. Проект был остановлен. Спустя год режиссер все же смонтировал отснятый материал с закадровым комментарием недостающих сцен.

В марте 2002 года Алексей Балабанов выпустил на экраны фильм "Война" - драматический боевик о чеченской войне, в котором были заняты Сергей Бодров, Ингеборга Дапкунайте, английский актер Иен Келли, а в главной роли дебютировал на большом экране молодой актер Алексей Чадов, впоследствии ставший весьма популярным. Съемки проходили в горах Северного Кавказа, в том числе несколько эпизодов были отсняты в Чечне. Премьера фильма состоялась в марте 2002 года. А в июне фильм получил главный приз фестиваля "Кинотавр" - "Золотую Розу".

Очередным проектом Балабанова в 2003-2004 годах должна была стать криминальная мелодрама "Американец" по его собственному сценарию. Однако после того, как были отсняты отдельные эпизоды фильма в Нью-Йорке, Норильске и Иркутске, съемки были остановлены из-за серьезных проблем с исполнителем главной роли - американским актером Майклом Бином. В результате этот проект так и не состоялся.

В июне 2005 года Балабанов в очередной раз удивил зрителей, сняв первую в своей жизни комедию - "Жмурки". Впрочем, и эта комедия получилась не совсем обычной криминальной комедией, а, скорее, по-балабановски "черной-пречерной", недаром ее жанр был определен, как "беспредельная комедия". Во всех главных ролях и даже почти во всех эпизодических в "Жмурках" снимались одни звезды - Никита Михалков, Дмитрий Дюжев, Алексей Панин, Виктор Сухоруков, Рената Литвинова, Сергей Маковецкий, Алексей Серебряков, Андрей Панин, Дмитрий Певцов, Григорий Сиятвинда, Юрий Степанов, Александр Баширов, Татьяна Догилева, Жанна Болотова и другие.

Весной 2006 года Алексей Балабанов закончил работу над картиной "Мне не больно" - фильмом, который он - опять-таки впервые для себя! - снял в жанре мелодрамы.